Fu edificata sulla grotta dove, nel X secolo, San Pietro Ispano, penitente, scelse di dimorare. La grotta del santo si trova ancora nelle sue forme originali nella cripta sotto il transetto. La chiesa fu fondata quasi sicuramente nel XII secolo in quanto menzionata in una bolla di papa Onorio II del 1125. Nel 1450 ebbe il titolo di abazia ed in quel tempo ebbe il primo abate Domenico Pignatelli di Bauco, nell’anno 1459.
Il secondo abate fu Ennio Filonardi che nel 1489 successe al Pignatelli.
Ad istanza del secondo abate Ennio Filonardi, Innocenzo VIII, concedeva alla famiglia di questi il Juspratonato della chiesa, con diritto di nomina dell’abate.
Questa abbazia in seguito su restaurata dal cardinale Ennio Filonardi, e successivamente nel 1580 ebbe un altro intervento di restauro da parte di Silvio Filonardi, nipote del cardinale Ennio, infatti il nome di Silvio Filonardi lo troviamo nell’architrave del portale d’ingresso della chiesa di S. Pietro Ispano.
La chiesa è confinante al castello Filonardi, ed è collegata da un scala interna che appunto unisce il palazzo con la chiesa.