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Uscendo dalla Cattedrale troviamo l’ingresso del Museo: diviso in due piani, offre al visitatore la testimonianza delle varie fasi della storia e dell’arte del monastero.
La maggior parte degli oggetti esposti sono il frutto di un complesso lavoro eseguito nel corso del tempo che ha dato vita ad un insieme armonico di oggetti, reperti ed altre opere restaurate e protette soprattutto in seguito all’ultima distruzione.
La sede attuale del Museo fu fondata nell’anno 1980 e rinnovata continuamente nel corso degli anni secondo criteri museografici.L’offerta delle opere esposte non è monotematica poiché il Museo raccoglie in un’unica struttura diverse sezioni che coprono un periodo di tempo che va orientativamente dal 6°sec. a.C. fino ai giorni nostri.
Sezione archeologica: permette di visionare reperti recuperati durante gli scavi nei pressi del monastero.
Sezione medievale: contiene i frammenti dell’abbazia antica distrutta nel corso dei secoli.
Sezione delle miniature e delle stampe: qui sono esposti alcuni esemplari di manoscritti e stampati conservati nell’archivio abbaziale.
Non meno importante è la sezione dedicata ai dipinti, agli argenti e ai paramenti sacri. Di recente apertura è la Sala della Natività in cui tra le altre tele, è esposta la tavola di Sandro Botticelli raffigurante la Natività.
Molto ricca è anche la sala dedicata all’iconografia benedettina, mentre è interessante anche la sezione dedicata agli avvenimenti bellici della seconda guerra mondiale con un filmato proiettato prima dell’uscita del museo
